发票录入认证的操作方法如下：开通网上认证系统首先需要开通网上认证系统，并缴纳相关年费。开通后，可以通过扫描仪和认证软件进行发票录入和认证。扫描录入发票连接扫描仪，打开认证系统，点击“发票录入”。将需要认证的发票放置在扫描仪的最下方（背面向上），确保发票的抬头朝向扫描仪的最下面边框。点击“扫描录入”后