在起诉后，进行司法鉴定的程序如下：提交鉴定申请当事人应向法院递交伤残鉴定申请，并提供相关的病历、诊断证明等材料。法院指定鉴定机构法院会根据案件的具体情况，挑选出有资质的司法鉴定机构进行鉴定。当事人也可以协商确定有鉴定资格的鉴定机构，协商不成时，由人民法院指定。预交鉴定费用申请鉴定时，当事人需要预交鉴